军备部,负责组织领导全军的武器装备建设,将后世的总装备部和国防科工委都囊括进去了。下面设有军械司,负责新武器盔甲的设计、攻城防御器械如弩炮的设计制造;常备司,负责制造供应常规兵器、弓箭、盔甲等;火器司,负责火药、火炮、火枪等诸多热兵器的制造;军矿司,负责开采铁、煤和石油。

军建部,负责所有军事设施建设,辖有城垣司、工事司、营房司、交通司,辖有浩大地工兵和建筑兵队伍,全面负责所有军民设施地建设,使得势力内地每一栋建筑都能为军事目地做出贡献,等于后世总后勤部和国务院里建设部、铁道部、交通部的整合。另外,俘虏多半派到这里做苦工。

政务院,设有政务首相和次相,原来的六部改为吏政部、财政部、司法部、农牧部、工商部、文教部等六部,每部设有一个尚书和侍郎。根据军政分开地原则,政务院类同于后世地国务院,因为人才不足和时代局限,机构要简化很多,但比起这个时代地三省六部还是要健全不少。

吏政部包含考试司、人事司、监察司、组织司等部门。

财政部包含税务司、统计司、钱币司、中央银行、审计司;

农牧部辖农业司、民屯司、水利司、林业司、牧业司、粮食司、土地司。

工商部辖有工业司、矿业司、外贸司、内贸司、环保司、质检司、安监司等。

文教部辖有文化司、宣传司、出版司、体育司、产权司、旅游司、文物司、教育司、科技司等,杂糅了教育部、中科院、社科院、工程院、发展研究中心、科技部、地震局、气象局、测绘局、自然科学基金会、信息产业部等后世部门。

司法部,负责法律的制定、案件地审理核查、监狱,将后世的公安部、司法部、法院同归在一起。

后来又设了一个民政部,辖有民生司、卫生司、邮政司、人口促生司、保障司等部门。

廉政公署是由御史台改编而来,对所有官员和将领都有调查之权,公署内辖有信访局。

国家安全总署,由原来的军情司、中情司、暗香司改编而成,不仅仅要对敌人和其他盟友势力,更要对准内部,一百个胜利有时候也抵不过背后的一刀,升级后的情报总署是后世国安部、档案局、保密局、锦衣卫的杂糅,是中央情报局和联邦调查局的融合,调查内部、敌人、盟友。

通天教神殿是将通天教的宗教地位提高到军政同等高度,便于发展通天教去挤压其他教派,全面提升国人的宗教信仰。

秘书处记述皇帝的圣旨和转呈下面的情报文书,由秘书令负责起草。